目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。我公司采用的合成仪主要机型为全新的ABI公司的391合成仪和BioAutomation Corporation公司产的192道合成仪。

亚磷酰胺三酯法合成DNA片段，具有高效、快速偶联以及起始反应物比较稳定的特点。该方法是在固相载体上完成DNA链的合成的，合成的方向是沿待合成引物的3‘端向5‘端合成，相邻的核苷酸通过3‘-5‘磷酸二酯键连接。

1. 脱保护。在脱氧核糖的5`-OH在合成前是有DMT基团（二对甲氧三苯甲基）保护的，在合成的第一步需要将DMT保护基团从脱氧核糖上去掉，让脱氧核糖的5`暴露出来才能连接新的碱基。

2. 偶连。偶连是将新的碱基连接到已经暴露出来的脱氧核糖的5`-OH上。

3. 带帽(capping)反应。由于偶连的连接率不能达到100%，为了防止未连接上碱基的链继续参与之后的偶连，需要将它暴露的脱氧核糖5`封闭。

4. 氧化。氧在氧化剂碘的作用下，亚磷酰形式转变为更稳定的磷酸三酯。

 经过以上四个步骤，一个脱氧核苷酸就被连接到固相载体的核苷酸上了。重复以上的步骤，直到所有要求合成的碱基被接上去。 之后通过氨解反应，将连在固相柱子上的引物洗脱下来，经过PAGE切胶法纯化引物，成品引物通过C18浓缩、脱盐，OD260定量测定之后，即可根据定单要求进行分装。